El Museo Catedralicio ha sido sometido a un profundo cambio en los últimos meses. Los fondos han sido organizados temáticamente en las diferentes salas que forman el Museo.
Así pues, ahora se cuenta con una sala de escultura en madera otra sala de escultura pétrea y una sala dedicada a la pintura y vitrinas con objetos pequeños.
Han pasado a formar parte del Museo cinco excepcionales esculturas barrocas provenientes del desaparecido monasterio de la Purísima Concepción: Inmaculada, de Gregorio Fernández; San Francisco y San Antonio, de Alonso de Rozas y los bustos del Ecce Homo y la Dolorosa, ambos de Pedro de Mena
Dentro de las novedades en el Museo destaca la inclusión de diversas Lipsanotecas (contenedores de reliquias), un esenciero de época Nazarí y diversos cristales de época Fatimí (fragmentos de un peón de ajedrez), procedentes del relicario de la Catedral.
Finalmente, en la sala de escultura pétrea, se han colocado dos esculturas de gran tamaño que representan la escena de la Anunciación, del siglo XIV, procedentes de la portada de la Capilla de San Bernardo; un angel mutilado del siglo XIV descubierto recientemente en el sepulcro de Lope de Olivares, en la nave sur un relieve de La Anuncuación y cuatro esculturas de evangelistas, san Juan Bautista y El Salvador, del siglo XVI, hallados en 2001, en la Capilla de San Juan Evangelista.